Ditahun sebelumnya, BPPI mendapatkan penghargaan sebagai Satuan Kerja Terbaik dalam bidang Kinerja Pelaporan Keuangan Sistem Akuntansi Instansi lingkup Badan Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan Kementerian Kelautan dan Perikanan periode pelaporan tahun 2011 dan 2012.

 Tahun 2011 Satuan Kerja Terbaik Kinerja Pelaporan Keuangan Sistem Akuntansi Instansi lingkup Badan Litbang KP

 Tahun 2012 Satuan Kerja Terbaik Kinerja Pelaporan Keuangan Sistem Akuntansi Instansi lingkup Badan Litbang KP

 Tahun 2012 Adibakti Mina Bahari bidang pelayanan publik terbaik

Tahun 2013 Adibakti Mina Bahari bidang Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan Tingkat Nasional
sebagai Juara II kategori hasil penelitian terbaik bidang perikanan

Tahun 2014 Adibakti Mina Bahari bidang Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan Tingkat Nasional
sebagai Juara II kategori hasil penelitian terbaik bidang perikanan